Microbiologie
Virus à ADN et virus à ARN

Cette différenciation génomique et le caractère principale de la classification des virus.
Les virus peuvent augmenter leur "potentiel protéique théorique" par épissage alternatif d'un transcrit primaire. L'épissage alternatif est un décalage du cadre de lecture lors de la transcription donnant plusieurs ARNm à partir du même l'ARN primaire. A chaque ARNm issu d'un épissage alternatif correspondra une protéine différente.

Cela s'explique par la présence de gènes chevauchants : segment d'acide nucléique contenant 2 à 3 cadres de lecture différents transcrit en autant d'ARNm et donc de protéines.
De plus les ribosomes peuvent traduire l'ARNm viral en continu (codon par codon) ou en décalage de phase (décalage du cadre de lecture du ribosome sur nucléotide amont ou aval du à la reconnaissance d'un codon signal).
L'information génétique contenu dans un virus est proportionnelle à sa taille, elle est comprise ente 3 et 300kb, soit théoriquement entre 3 et 4000 protéines.

Les virus ADN :

Le génome (5 à 300 kb) est généralement un ADN bicaténaire linéaire ou circulaire et parfois partiellement bicaténaire ou monocaténaire linéaire.
Les taux de mutations des virus à ADN sont extrêmement faibles car les virus ADN utilisent l'ADN polymérase cellulaire qui a une fonction de couplée à de nombreux systèmes de réparation de l'ADN. Cela implique que l'évolution des virus à ADN est lente.

Virus à ADN
Génome	Type	Forme	Symétrie	Famille	Genre	Maladie
Bicaténaire	Enveloppé	Linéaire	complexe	Poxviridae	Orthopoxvirus Leporipoxvirus	variole, cow-pox… myxomatose (lapin)
			Cubique (C)	Herpesviridae	Simplexvirus Varicellovirus Lymphocryptovirus Cytomegalovirus	Herpesvirus type 1 et 2 varicelle, zona
	Nu	Linéaire	C	Adenoviridae	Adenovirus	adénites, conjonctivites,…
		Circulaire	C	Papillomaviridae	Papillomavirus	virus des verrues, cancer col utérus
				Polyomaviridae	Polyomavirus	virus BK, virus JC
Monocaténaire	Nu	Linéaire	C	Parvoviridae	Erythrovirus

Les virus ARN :

Sont le plus souvent monocaténaire linéaire ou segmenté et dans de rares cas bicaténaire segmenté (10 à 15 kb).
Les virus ARN doivent synthétiser une ARN polymérase ARN-dépendante (une réplicase virale). Les taux de mutations sont très élevés car l'ARN polymérases n'a pas de fonction de relecture et est imprécises. Ces mutations génère de nombreux variants dont la plupart ont perdu leur potentiel infectieux ou ne sont plus viables. Mais ces variants lorsqu'ils sont viables et infectieux rendent la recherche de vaccin compliqué par leur diversité.

virus à ARN + :
L'ARN seul du virus est introduit dans la cellule. Les ribosomes cellulaires reconnaissent le codon d'initiation et traduit du brin + d'ARN viral. Les protéines virales sont synthétisées (ARN polymérase pour répliquer le génome viral, élément de la capside…). L'ARN+ se comporte comme un ARNm.

Virus à ARN+ monocaténaire
Type	Symétrie	Famille	Genre	Maladie
Nu	C	Picornaviridae	Enterovirus A, B, C, D Hepathovirus Rhinovirus Aphtovirus	C: poliovirus (poliomyélite) virus hépatite A fièvre aphteuse
		Caliciviridae	Norovirus	virus hépatite E
		Astroviridae	Astrovirus	gastro-entérite
Enveloppé	C	Flaviviridae	Flavivirus Hepacivirus	fièvre jaune, dengue hépatite C
	C	Togaviridae	Alphavirus Rubivirus	encéphalite rubéole
	C ou Hélicoïdale (H)	Coronaviridae	Coronavirus	infections respiratoires

virus à ARN - :
Dans une cellule, l'ARN viral est dans un premier temps transcrit en ARNm par une transcriptase virale (apportée en même temps que le génome). Puis l'ARNm sera reconnu par les ribosomes cellulaires. L'ARN- est appelé ARN anti-messager.

Virus à ARN- monocaténaire non ségmenté
Type	Symétrie	Famille	Genre	Maladie
Enveloppé	H + Transcriptase	Paramyxoviridae	Paramyxovirus Rubulavirus Morbillivirus Pneumovirus	oreillons rougeole, maladie de carré
		Rhabdoviridae	Lyssavirus	virus de la rage
		Filoviridae	Filovirus	virus Ebola, Marburg

virus à ARN – segmentés :
Deux virus de la grippe, génétiquement différents, peuvent co-infecter simultanément une même cellule et s'y multiplier. L'assemblage des virions peut donner naissance à de nouveaux variants par brassage génétique.

virus à segments ambisens :
ARN monocaténaire segmenté comportant des segments ambisens : ARN - liée ARN +.
Une transcriptase est associée à la nucléocapside.

Virus à ARN- monocaténaire ségmenté, ambisens ou non
Type	Symétrie	nombre ségments	Ambisens	Famille	Genre	Maladie
Enveloppé	H + Transcriptase	8	non	Orthomyxoviridae	Influenzavirus	virus grippaux
		2	oui	Arenaviridae	Arenavirus
		3	oui	Bunyaviridae	Bunyavirus Hantavirus Phlebovirus	fièvres hémorragiques

 

Virus à ARN bicaténaire segmenté (Reovirus) :
ARN bicaténaire linéaire segmenté de 10 à 12 segments.
Une transcriptase est associée à la nucléocapside. Elle transcrit le brin - de chaque segment en ARN messager.

Virus à ARN bicaténaire ségmenté
Type	Symétrie	Ambisens	nombre ségments	Famille	Genre	Maladie
Nu	C + Transcriptase et 2 capsides	oui ARN+/-	10 à 12	Reoviridae	Orthoreovirus Rotavirus

Virus à ARN + transcrit en ADN (rétrovirus) :
Constitué de 2 molécules d'ARN+ monocaténaires identiques. Ces virus contiennent 2 enzymes virales : une rétrotranscriptase et une intégrase.
•  la RT transcrit l'ARN viral en ADN bicaténaire.
•  L'ADN synthétisé migre dans le noyau de la cellule avec l'intégrase qui insère l'ADN viral dans le génome de la cellule cible.
Cette ADN viral est appelé provirus car il sera transcrit par les ARN polymérases de la cellule hôte en ARNm et en ARN génomique. L'assemblage des protéines et des génomes conduit à la formation de nouveaux virions.

Virus ARN à Reverse Transcriptase
Type	Symétrie	Famille	Genre	Maladie
Enveloppé	C ou autre ARN+/+	Retroviridae	Lentivirus Deltaretrovirus Alpharetrovirus	virus du SIDA sarcome de Rous (1° virus à oncogène découvert)
	C	Hepadnaviridae	Orthohepadnavirus	hépatite B

Remarque: Le virus de l'hépatite D (virus enveloppé à ARN-) est un virus défectif . Il n'est présent que chez les patients porteurs du virus de l'hépatite B. Il estla seule espèce du genre Deltavirus (non présente dans les exemple ci-dessus).